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Covid-19 : les 47 premiers séquençages réalisés par Pasteur à Paris avaient révélé une mutation pour 8 échantillons guyanais mais pas l’un des variants inquiétants selon l’ARS

Covid-19 : les 47 premiers séquençages réalisés par Pasteur à Paris avaient révélé une mutation pour 8 échantillons guyanais mais pas l’un des variants inquiétants selon l’ARS
Une mutation qui circulerait aussi au Brésil et au Suriname

C’est une information qui était passée quelque peu inaperçue et qui corrobore -s’il le fallait- cette réalité des (très) nombreux variants du Covid-19.

Des variants avaient, en effet, déjà été détectés, après séquençage par Pasteur à Paris, dans des prélèvements de personnes atteintes du Covid-19 en Guyane, avant l’annonce du laboratoire Eurofins le 13 février dernier.

En effet, la lettre pro de l’ARS du 12 février dernier (que l’auteur de ces lignes n’avait pas reçu dans un premier temps), soulignait que s’agissant des 47 premiers prélèvements d’échantillons sur des personnes de Guyane atteintes par le Covid-19 adressés à Pasteur à Paris en janvier pour séquençage (10 envoyés le 18 janvier, 37 envoyés le 25 janvier), certains ont révélé une mutation.

Dès lors, il s’agissait de fait de variants, autrement dit huis fois un virus différent de celui d’origine ou huit fois un virus ayant muté.

«Si les 47 premiers échantillons n’ont pas révélé l’un des trois variants d’intérêt, 8 présentaient une mutation déjà repérée dans plusieurs pays.», soulignait ainsi la Lettre de l’ARS du 12 février.

Mais il ne s’agissait pas de l’un des trois variants dit d’intérêt, selon l’ARS (trois à l’époque puisqu’un quatrième est soupçonné de l’être depuis, voir ci-dessous, ndlr) , autrement dit, «aucun des 3 variants of concern (VOC): B.1.1.7 (Royaume Uni), B.1.351 (Afrique du Sud), B.1.1.28, P.1 (Manaus, Brésil) n’a été détecté. », indiquait à ce sujet le point épidémiologique de Santé Publique France (antenne de l’ARS) du jeudi 11 février, un point hebdomadaire adressé aux médias chaque vendredi, soit au lendemain de sa parution.

Le VOC (variant of concern) que les autorités traduisent par cette expression «variant d’intérêt» parce que les instances sanitaires considèrent qu’ils sont susceptibles d’être plus contagieux et de déjouer l’immunité, peut aussi littéralement se traduire par cette expression : «variant préoccupant».

Une mutation a été mise en évidence (…) Il s’agit d’une spécificité qui circule également au Brésil et au Suriname…

Autrement dit la mutation du virus mis au jour dans huit prélèvements de Guyane de janvier ne correspondait pas à des variants considérés inquiétants, comme le variant sud-africain qui fait des dégâts à Mayotte actuellement (voir cet article).

«Une mutation (…) a été mise en évidence dans 8 d’entre eux. Il s’agit d’une spécificité qui circule également au Brésil et au Suriname, mais aussi au Japon, à Singapour, en Irlande, en Norvège en Argentine ou au Canada. Il ne se distingue ni par une plus grande létalité, ni par une plus grande contagiosité et il n’a pas été mis en évidence d’échappement immunitaire. Si aucun risque pour la santé publique n’a été mis en évidence, cette recherche des mutations par séquençage est utile pour la recherche, afin d’identifier les mutations du génome.», notait encore La Lettre Pro du 12 février de l’ARS.

«Depuis le début de la pandémie, un site suit les mutations du virus, il y en a beaucoup et c’est l’histoire naturelle. Ce site les représente depuis le tout début de l’épidémie : https://nextstrain.org/ncov/global», nous avait indiqué le professeur Mathieu Nacher sollicité sur ce point, lundi 8 février.

Un 4ème variant préoccupant ?

Cette semaine, la presse mondiale a relayé qu’un nouveau variant, baptisé « B.1.525 », découvert par des chercheurs britanniques, présenterait des caractéristiques qui le rendent, lui aussi, inquiétant.

Comme l’a souligné le Public Health England (PHE), autrement dit Santé Publique Angleterre, dans un communiqué relatif à ce variant B.1.525  : « l’ensemble des mutations comprend la mutation E484K de la protéine Spike, qui est présente sur un certain nombre d’autres variants préoccupants», comme le sud-africain, ou encore, sur d’autres variants à l’étude.

«Cette protéine joue un rôle dans la pénétration du virus dans les cellules, et sa mutation E484K rendrait le virus plus résistant aux anticorps, selon plusieurs études. En conséquence, une telle mutation pourrait réduire l’efficacité des vaccins», notait mercredi le site Les Echos.

Ce variant, qu’un séquençage a identifié pour la première fois le 15 décembre 2020 au Royaume-Uni selon un rapport de deux chercheurs de l’Université d’Edimbourg en Ecosse, reste pour l’heure méconnu, a encore noté cette semaine le site Les Echos.

« Il n’y a actuellement aucune preuve que cet ensemble de mutations provoque une maladie plus grave ou une transmissibilité accrue », selon le PHE, qui affirme que : «les cas sont dispersés géographiquement à travers l’Angleterre. Une meilleure recherche des contacts et un séquençage génomique sont en cours pour surveiller la situation au fur et à mesure qu’elle se développe.»

Cet autre variant susceptible d’être préoccupant mais encore à l’éude a été détectée dans d’autres pays, dont le Nigeria, le Danemark et le Canada, toujours selon Santé Publique Angleterre.

Le professeur Yvonne Doyle, directeur médical à PHE, a déclaré cette semaine que l’instance de santé «suit de très près les données sur les variants émergents.»

Selon le rapport des chercheurs écossais, des séquençages avaient permis d’observer jusqu’à ces derniers jours, le B.1.525 au Royaume-Uni (39 cas), au Danemark (35 cas), au Nigeria (29 cas), aux Etats-Unis (10 cas), au Canada (5 cas), en France (5 cas) et dans 7 autres pays (moins de 5 cas). Au Nigeria, ce variant représente près d’un quart des séquençages réalisés (29 sur 125), mais moins de 1 sur 300 en France, et seulement 39 séquençages sur plus de 75 000 au Royaume-Uni, relevait mercredi le site Les Echos

S’agissant d’un variant brésilien (outre le Sud-Africain) également détecté au Royaume Uni, Santé Publique Angleterre notait le vendredi 15 janvier qu’il ne s’agissait pas alors du variant préoccupant de Manaus appelé P1 :

«Deux variants d’intérêt ont également été identifiés au Brésil. L’un est un variant à l’étude (VUI) 202101/01 – ce variant a un petit nombre de mutations. La propagation et l’importance de ce variant sont toujours à l’étude : 8 cas confirmés génomiquement de ce variant ont été identifiés au Royaume-Uni».

«Le deuxième variant a été désigné variant préoccupant (VOC), désormais appelé VOC202101/02, ce variant a plus de mutations. Nous n’avons pas détecté au Royaume Uni cette deuxième souche d’origine brésilienne détectée à Manaus», notait alors PHE dans son communiqué du 15 janvier.

En Guyane, l’on attend donc le résultat par séquençage du ou des variants détectés par criblage sur 4 prélèvements (selon Eurofins) afin de savoir s’il s’agit donc de VOC (variant of concern autrement dit variant d’intérêt ou encore variant préoccupant) ou de mutations plus inoffensives.

L’ARS nous a indiqué ce jeudi que la presse sera «informée (…) dès le retour des séquençages (…) pour confirmer le variant détecté.».

Les résultats de 91 séquençages d’échantillons guyanais (de personnes atteintes) du Covid, envoyés à Pasteur à Paris (dont 71 il y a au moins deux semaines) sont aussi attendus.

Les prélèvements guyanais envoyés dans l’Hexagone, notamment à Pasteur à Paris sont «des prélèvements dont la charge virologique est élevée (ct<28)», note encore l’ARS.

FF

Relire sur ce dossier : COUP DE THÉÂTRE DANS L’AFFAIRE DE VARIANTS DU COVID-19 TROUVÉS CHEZ QUATRE HABITANTS DE GUYANE, LE DIRECTEUR D’EUROFINS AFFIRME N’AVOIR JAMAIS DIT QU’IL S’AGISSAIT À COUP SÛR DE L’UN DES TROIS VARIANTS PRÉOCCUPANTS !

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11 commentaires

  • EL MATADOR
    19 février 2021

    Cet article destiné simplement à faire le « buzz » peut prêter à confusion pour un lecteur qui ne lirait que le titre ou début.
    En effet, alors que tout le monde attend le résultat des analyses complètes des 4 derniers cas, le fait de mettre en avant que les variants des tests effectués sur janvier ne comportent aucun de ceux classés comme inquiétants, entraîne une confusion dans les esprits.

    C’est un peu comme si au moment où tout le monde attend de savoir si le module est parvenu à se poser sur mars, un journal mettait en avant un article avec un gros titre disant que la fusée avait explosé, et se contentait de mentionner dans les dernières lignes qu’il parlait de la toute première fusée Ariane 5…

    Pis encore, cette démonstration pourrait conforter les théories délirantes des complotistes, qui verraient là une démonstration du bien fondé de leurs thèses, comme quoi les autorités prendraient un malin plaisir à nous maintenir dans un état de crainte injustifié.

    Cet article qui évoque les résultats d’analyses anciennes et dont tout le monde se fiche éperdument est déplacé dans le contexte actuel.

  • FF
    19 février 2021

    Non, il s’agit d’une info qui n’avait pas été relayée et digne d’intérêt sur les résultats des 47 premiers séquençages uniquement dévoilés à la date d’hier, il suffit de savoir lire Matador. Et qui montre qu’on peut souvent tomber sur une mutation. Il n’y a pas qu’une attente de l’identité de 4 variants ou mutations. Il y a aussi l’attente de 91 séquençage de Pasteur. Si vous appelez ancienne une info du 12 février expliquée le 18… Vous êtes en pleine élucubration… Et décréter ce qu’il convient ou non d’écrire…

  • EL MATADOR
    19 février 2021

    Ah bon?
    Parmi les lecteurs, y a t’il au moins une seule personne qui était dans l’attente des résultats des 47 premiers séquençages?

    Je ne pense pas.
    Ce que je crois c’est que tout le monde est dans l’attente du résultat des 4 cas litigieux.

    N’allez pas nous faire croire que cet article publié quelque jours après celui qui évoque des doutes sur les résultats de ces 4 cas douteux, ne pourrait pas entraîner un doute dans l’esprit des lecteurs, dont beaucoup survolent simplement les gros titres…

    Il y a actuellement une méfiance justifiée ou non de tout ce qui provient des autorités en Guyane, ce qui est compréhensible avec les nombreux cafouillages.

    Cependant il existe réellement un risque sanitaire, puisque des gens meurent, et à part le vaccin je ne sais pas ce qui pourrait protéger mieux la population pour le moment.
    Il convient plutôt de tenter de convaincre la population à ne pas se braquer face aux incohérences de la gestion de la crise, ni écouter les messages complotistes qui utilisent ces incohérences.
    Pour le devenir de la population, il convient plutôt de leur faire accepter l’idée de passer par l’étape du vaccin, en évitant de donner du grain à ceux qui ne nous veulent pas du bien.

  • FF
    19 février 2021

    Tiens Matador dans la lettre de ce jour (19 février de l’ARS) au sujet de cette lettre du 12 qui évoquait cette mutation sur 8 prélèvements séquencés par Pasteur : « Nombre d’entre vous n’ont pas reçu la Lettre pro n° 150, diffusée vendredi dernier. La raison en est un incident chez l’éditeur qui fournit à l’ARS l’outil de réalisation et de diffusion de la newsletter. La lettre, consacrée aux mesures à mettre en œuvre en cas de détection de variants, peut être consultée ici. ». Ca bat un tantinet en brèche ta fiction sur la prétendue volonté d’un buzz postérieur… Je n’ai pas pu le faire avant pour cette raison, entre autres, en ce qui me concerne…

  • FF
    19 février 2021

    Désolé Matador, un journaliste digne de ce nom n’est ni un chargé de communication des pouvoirs publics ni un obligé. Il ne doit pas subir (la moindre pression d’où qu’elle vienne). Il se pose cette question : ce que l’on me dit est-il vrai ? Il est un tantinet antidémocratique de reprocher à un journaliste d’écrire une vérité. Je préfère la liberté de la presse à la liberté de la paresse (intellectuelle).

  • EL MATADOR
    19 février 2021

    GZ au secours !
    je te passe la main pour échanger avec lui si tu veux, car j’ai autre chose à faire que de répondre à un journaliste vexé dans son égo suite à un reproche dans sa stratégie rédactionnelle.

  • FF
    19 février 2021

    Lis le dernier article en ligne tu comprendras (enfin) qu’il ne s’agissait pas que des 4 cas que tu mets en exergue

  • GZ
    19 février 2021

    Vous voulez que je me fasse encore aimer :-) ?
    Pour vous dire, Matador, je ne lis pas les épandages sur la variabilité de ce virus, ni sur Gweb ni ailleurs, le sujet étant sans aucun intérêt. L’exagération de l’importance des mutations (ici ou ailleurs) ne fait que brouiller voire conditionner les esprits.
    Sans que ce soit le but de notre média préféré, j’en suis sûr.
    Il serait pitet souhaitable de renouer avec le fil d’info consacré au Covid (disparu) et le nourrir avec ce Neverending Story qui ne mérite pas un article tous les jours, ni même un seul par semaine… D’autant moins que Gweb risque de devenir fou devant le nombre exponentiel des mutations à venir…
    Tenez, le plus récent sur nouvelobs : un-nouveau-variant-decouvert-en-finlande-potentiellement-moins-detectable
    (Je ne donne pas le lien car Gweb ne publie qu’avec retard)
    Ce, sans que je souscrive à votre vision des choses.

  • Bello973
    20 février 2021

    Il faut aussi faire confiance aux outils de détection, la méthode du test de criblage d’eurofins est extrèmement fiable (c’est déjà un séquençage trés ponctuel sur des zones de mutation connues) et donc la suspicion UK des 4 cas, est sûre à 99,99% voire plus. Ce qui est étrange dans la communication de l’ARS, c’est d’omettre à ce point d’insister sur le trés fort taux de probalité de cette suspicion (ce qui revient carrément à nier l’efficacité du test de criblage) et de laisser autant de place au suspens de la confirmation finale via le séquençage. Du point de vue de l’exigence scientifique je veux bien, mais du point de vue de la rationalité d’une politique de lutte sanitaire, c’est juste la confirmation logique que le variant UK sait trés bien prendre l’avion.

  • FF
    21 février 2021

    Reste le paramètre du nombre de variants et du nombre de variants avec mutations communes. En Martinique, quelle méthode ont-ils utilisé pour trouver x variants britanniques ? Vais demander

  • GZ
    21 février 2021

    T’as tapé en pleine dedans :-))) Le virus à sRNA étant des plus simples et mutant à grande vitesse, il est plus que probable que les mêmes mutations apparaissent aux 4 coins du monde, +- en même temps…
    Ou, au moins, suffisamment similaires pour être détectées comme idem.
    Nul besoin qu’elles voyagent, nul besoin de tenir leur registre…

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